Keberhasilan pelaksanaan UKS di sekolah dan madrasah sangat ditentukan oleh seberapa besar komitmen kepala sekolah dan madrasah serta masyarakat sekolah terhadap pentingnya pelaksanaan UKS; dan dukungan dari seluruh pemangku kepentingan terkait. Peran sekolah dan madrasah dalam pelaksanaan UKS antara lain:
- Bertanggung jawab terhadap kelancaran pelaksanaan kegiatan UKS.
- Membentuk dan memberdayakan Tim Pelaksana UKS di sekolah dan madrasah.
- Memasukkan kegiatan UKS ke dalam RKS (Rencana Kegiatan Sekolah) dan RKAS (Rencana Kegiatan dan Anggaran Sekolah)
- Melakukan sosialisasi rencana dan pembinaan kegiatan UKS kepada warga sekolah dan masyarakat sekitar.
- Melaksanakan pendidikan kesehatan (materi PHBS, kesehatan reproduksi remaja, Kesehatan gigi dan mulut, gizi dan keamanan makanan, Kesehatan lingkungan, kesehatan jiwa, dll) terhadap termasuk pengelola kantin, produsen/penjaja makanan, peserta didik, guru, orang tua.
- Memfasilitasi pelaksanaan pelayanan kesehatan : penjaringan kesehatan, pemeriksaan berkala, Bulan Imunisasi Anak Sekolah (BIAS), pengendalian penyakit; kesehatan gigi dan mulut, reproduksi, jiwa, indera penglihatan dan pendengaran; program kecacingan; P3K; P3P, Pemberian Makanan Tambahan Anak Sekolah (PMT-AS) dan tablet tambah darah.
- Melaksanakan penyehatan lingkungan sekolah (pengendalian faktor risiko lingkungan baik lingkungan fisik antara lain higiene dan sanitasi bangunan, pangan; penyediaan air bersih dan sarana sanitasi; pengelolaan sampah dan limbah; penghijauan; dan PSN sekali seminggu; maupun lingkungan mental sosial, misalnya menciptakan rasa aman dan nyaman, menyediaan layanan bimbingan dan konseling).
- Melakukan monitoring dan evaluasi pelaksanaan UKS.